Siendo un río de menor longitud y anchura, Caño Cristales no alcanza los 100 km. de longitud ni sobrepasa los 20 m. de ancho.
Las aguas de Caño Cristales se desprenden de la meseta sur de la Serranía de la Macarena. Su nacimiento se encuentra a espaldas de los mas antiguos tepuys de la Sierra, en una zona escarpada en donde se encuentran numerosas pinturas rupestres aun inexploradas. El color rojo característico de las plantas endémicas que allí existen corresponde a las macarenias clavígeras, planta así identificada por el biólogo Jesús Idroibo. El apelativo del caño obedece a una tradición lingüística regional, de carácter campesino y amazónico, que denomina así a los riachuelos para diferenciarlos de los grandes ríos.
Las aguas de Caño Cristales corren hacia el río Guayabero, recogiendo a su paso innumerables brazuelos de las sabanas rocosas de la Sierra. Desemboca en el río sin sus colores característicos pues estos se han perdido en la vereda La Cachivera a la altura del camino real (hoy día carretera) que le atraviesa. Durante el verano las aguas se secan y las plantas rojas encuentran allí su oportunidad para multiplicarse.
Las rocas de la Macarena alcanzan los 1.200 millones de años de antigüedad y constituyen la prolongación hacia el occidente del llamado Escudo Guyanés de Venezuela, Guayana y Brasil, cuyas rocas son consideradas las más antiguas del planeta. Caño Cristales es una sucesión de rápidos, cascadas, correones y pocetas. La aguas son de tal pureza que permiten ver el fondo y toda la magia que encierra este hermoso río.
